- 发布日期:2025-01-04 15:33 点击次数:178
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在WB过程中,可能存在总蛋白浓度测定有误,或者在上样过程中操作出现问题,针对表达量不高的蛋白,就更容易因为此类误差影响结果分析。所以需要我们设定内参进行校正,用每个样本目的含量/内参含量=每个样本目的蛋白的相对含量,再进行趋势比较。上述巴拉巴拉讲了一堆,肯定又有人要问了,上面每个中文字都认识,连起来就不知道是啥意思。小编总结内参作用到以下三句要义中,一定要牢记哦,不要等到reviewer退稿才来哭哦!
那么各位要问了,如何选择内参呢?
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新人表示图看不懂?
没关系,听小编慢慢道来
我们常说的内参指标一般有β-actin、β-tubunlin、GAPDH、Lamin B等,实际运用的时候面对这些指标我们该如何选择呢?其实内参的选择也是有规律可循的
a.样本来源为哺乳动物细胞或者组织样本,常用β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B、Histone H3、Na,Katpase等
b.样本来源为植物的样本,大多选择plant actin、Rubisco等
c.如果遇见不常见的样本来源如何选择内参呢,那么我们就只有根据现有文献选择内参,一般都是大错不错的
目标蛋白分子量大小是选择内参抗体的另一关键因素,一般情况下要保证目标蛋白与内参蛋白分子量相差5KD以上。如目标蛋白分子量在50KD左右哺乳动物细胞或者组织样本,那么我们就可以选择β-tubulin或者GAPDH
蛋白检测中有一类表达部位比较特殊的蛋白---核蛋白,针对核蛋白的定量,目标蛋白为核蛋白时就选择合适的核蛋白内参。一般我们常用的核内参抗体为Lamin A、Lamin B、Histone H3,另外多见于文献的核蛋白内参还有PCNA、K70、K80,Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。而对于膜蛋白检测,常用的内参抗体为Na,K ATPase。对于线粒体蛋白的检测,常用VDAC1和COX IV作为内参抗体
有实验数据表明部分管家基因的表达量会收到实验处理影响,常见实验处理如诱导后样本或者是磷酸化、乙酰化等修饰性抗体,尽量选择GAPDH等这类变化不大比较稳定的内参
内参中的三大
谈到内参蛋白,我们不得不提到实验室最常见的三大金刚,β-actin(42KDa)、β-tubulin(50KDa)、GAPDH(37KDa)
PS:其实你们只是想知道它的分子量而已~~哈哈哈